Gene Ontology簡介 - 有勁的基因資訊
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Jul23Mon201209:54
GeneOntology簡介
隨著越來越多的基因體被定序,如何有系統地且大規模的收集和整理基因的功能和所在的生物路徑,顯得越來越重要。
例如,可以透過EnzymeCommissionnumber(ECnumber)得以了解酵素的分類和所催化的化學反應。
在生物資訊領域,GeneOntology(簡稱為GO)常用來協助了解一群感興趣的基因產物。
GeneOntology是由GeneOntologyConsortium於1998年所發起的計畫,主要目標為訂定對於所有基因功能之分類標準,起初整合了三個模式生物的資料庫,分別為FlyBase(果蠅)、SaccharomycesGenomeDatabase(酵母菌)和theMouseGenomeDatabase(小鼠),現在已經GO的範圍已經涵蓋到原核生物和其他真核生物。
GO資料庫主要包含三個分支:
生物途徑(Biologicalprocess):指基因產物所參與的生物路徑
細胞組件(Cellularcomponent):指基因產物在細胞內外的位置
分子功能(Molecularfunction):指基因產物的分子活性
以在KEGGpathwaydatabase中的細菌RNA聚合酶II(RNApolymeraseII)為例,RNA聚合酶II包含五個亞基(α、β、β’、γ、δ和ω),它們共同被註解在CellularComponent底下的DNA-directedRNApolymerasecomplex(GOterm為GO:0000428),如下圖所示。
參考資料:
http://www.geneontology.org/GO.doc.shtml
http://amigo.geneontology.org/cgi-bin/amigo/term_details?term=GO:0000428
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